Szulejmán szultán 1543. évi hadjáratának célja a biztos hátország, és az erősségek láncolatának kiépítése volt, az 1541-ben elfoglalt Buda megtartása érdekében. E hadi vállalkozás részeként került Pécs török kézre, ahol több mint 800 fős őrséggel rendezkedett be a Püspökvárban. Ahogy azonban a megszállt terület egyre jobban kiszélesedett, Pécs megszűnt határvár lenni. A katonaság létszáma is lecsökkent, s a város a békésebb élet színtere lett, a török közigazgatás, a kereskedelem, az iparűzés központjának szerepét is betöltötte. Pécs hazánk azon kevés városa közé tartozik, amely a török építészet sok emlékét őrzi.
Dzsámik, türbe, mecsetek, kolostorok, vízvezetékek, fürdők, kutak, iskolák épültek e közel másfélszáz év alatt, melyek közül több még napjainkban is látható.
Templom helyett mecset, mecset helyett templomGázi Kászim pasa 1543-tól 1548-ig volt pécsi szandzsákbej. Az említett épület Pécs hat dzsámijának egyike, a város főterén, a középkori Szt. Bertalan plébánia templom helyén épült fel. Gerő Győző megállapítása szerint a baranyai török építészeti emlékek, s így e dzsámi épülete is a bosznia-hercegovinai emlékanyaggal állnak szoros kapcsolatban. A ma már előcsarnok és minaret nélküli épülettömb a Széchenyi téren napjainkban is áll, római katolikus templomként működik.
Pécs - a török köri metropolisPécs a török korban a szemtanú szemével. Részlet Eszterházy Pál: Mars Hungaricus című, 1664-ben keletkezett munkájából:
"Ez a nagy kiterjedésű egykori püspöki székhelyéről nevezetes város, amelyet ama szerencsétlen mohácsi csata után ragadtak el a keresztényektől, a mai napig is a szörnyű töröknek hódol, igen kellemes vidéken fekszik, sok tiszt és katona állítja, hogy ilyet Magyarországon még nem látott. Földje mindenütt gabonában, takarmánynövényekben bővelkedik, kedves patakok ékesítik a réteket, s a gyönyörű szőlőskertek nemcsak szőlővel vannak tele, hanem különféle gyümölcsfákkal is (…) A belső város kerülete akkora, hogy véleményem szerint nagyságát tekintve felülmúlja az ausztriai Bécset is. (…) tizenhat mecset van a városban, amelyek közül sok vörösrézzel, mások ólommal s a legtöbb érclemezekkel van befödve. A falakon belül két fürdő is van, márványpadlóval, érc szökőkúttal és bolthajtásos kristályablakokkal díszítve. A tereken és utcákon is vannak még nem akármilyen munkával készült különféle szökőkutak, sőt az utcakereszteződések is többnyire négyszögletes kövekből készültek, nagy számban láthatók továbbá jókora leginkább fából készült épületek is. A falakon belül, a mecseteket nem számítva körülbelül hétezer ház volt.(…) Székhelye illetve vára is van, egyébként a várossal összekötve, s csak éppen a várárok választja el tőle. Ott láthatjuk az egykori székesegyházat is, amelyet a régi szokás szerint kerek kőfalak vesznek körül, aminthogy magát a várost is egyes falakból kiképzett sétálótornác övezi, s körülfogja a tornyoknak sűrű láncolata (…) s mindenütt a város körül árkot is húztak."
Az egykori török temetők közül az egyik a budai, a másik a szigeti külvárosban helyezkedett el. A sírkőtöredék a Tímárház (a múzeum épülete) falkutatása során került napvilágra.
A szomjas törökök megadták magukatA város visszafoglalása Buda bevétele után, a dél-dunántúli hadműveletek keretében valósult meg. Lotharingiai Károly és von
Ludvig Wilhelm Baden őrgróf csapatai 1686 októberében érkeztek a város falaihoz, amelynek megerősítésére a törökök nem fordítottak gondot, s így annak elfoglalása nem jelentett nehézséget. A harcok során a várbéli épületek tetői beszakadtak,
tűz keletkezett, s ez nagy pánikot okozott a törökök körében. Ugyanakkor a
vízvezeték szétrombolásával óriási lett a várban a vízhiány. A reménytelenné vált helyzetben a török várvédők végül megadták magukat.
Egy müncheni újság korabeli tudósítása (1686-ban) Pécs visszafoglalásáról:
"Megerősítették a hírt, hogy a mieink elfoglalták Pécs városát, 4 üteggel lőtték a várat. A törökök, mikor észrevették közeledtüket, a boroshordókat a földre ürítették, a helyet felgyújtották és a benne lévő értékeket mindennel együtt a várba menekítették. Erre a dragonyosok felrobbantották a kaput. 1000 muskétás rohammal elfoglalta őrhelyeiket, majd a tűz eloltására rendelték őket. (…) A herceg által létesített lövegek jól működtek, a berepített bombáktól beszakadtak az épületek tetői, és több helyen tűz keletkezett, amely veszélytől óriási kavarodás támadt, és sárga, zöld és vörös zászlók kitűzésével jelezték a kapitulációs szándékukat (a törökök)." "A bécsi Haditanács parancsa értelmében csak a feltétel nélküli kapitulációt volt szabad aláírni. A török parancsnok ezt kénytelen volt elfogadni. A kb. 2000 emberből álló helyőrséget foglyul ejtették, majd a kétszerannyi asszonyt, gyermeket egy biztos helyre kísérték."