Nagy Szulejmán szultán 1526-ban és 1529-ben is bevonult Budára, de a várost nem foglalta el, hanem az 1526-ban magyar királlyá választott és hozzá lojális Szapolyai János felügyeletére bízta. Szapolyai halála után a magyar nemesség egy része által 1526-ban szintén magyar királynak választott Habsburg uralkodó, I. Ferdinánd elérkezettnek látta az időt Buda és Magyarország meghódítására. Így a szultán 1541. augusztus 29-én csellel elfoglalta Budát, s ezzel az ország három részre szakadt: az ország északi részeire, a Habsburg uralkodó által kormányzott Magyar Királyságra, a középső országrészre, az Oszmán Birodalomra és az Erdélyi Fejedelemségre.


Fontosabb lett a vár megerősítése, mint a szépítése

Buda, a középkori Magyar Királyság fővárosa 145 évig az Oszmán Birodalom legészakibb tartományának, a budai vilajetnek lett a központja. A rövid idő alatt három ostromot is átélt palotának a szépítése helyett a megerősítése vált elsődleges fontosságú feladattá. Domenico da Bologna itáliai hadmérnök kapta a források szerint a palota-együttes megerősítésének munkáját.

A palotát déli és északi oldalon egyaránt jelentősen megerősítették, a hatalmas déli rondella jobban ellen tudott állni a tüzérségi támadásoknak. Ugyanitt a vízi rondella törökkori védelmi építmény. A funkcióját vesztett királyi palota laktanya, raktár és börtön lett, s erődítése folyamatosan haladt. Ekkor épült Karakas pasa tornya észak-nyugaton. A törökkori építkezések legjelentősebbje mindenképpen a Jeni Mahalle mecset.

A török uralom vége felé az erősítési munkák ellenére a palota általános romlásnak indult.


Buda és Pest teljesen átalakult

Az újonnan meghódított terület védelmére a budai és a pesti várba több ezer katonát rendeltek, akiknek a többsége délszláv muszlim volt, közöttük sok bosnyák, horvát vagy szerb. A budai helyőrség a királyi palota környékén, a Várhegy szélein és a kapuk táján lakott. Janicsárkaszárnyák voltak még a mai Fortuna és Országház utcában, a Bécsi-kapu tér környékén. A lovasságot a várhegyen kívül, a külvárosban helyezték el. A budai pasa a mai Várszínház közelében lakott.

A magyarok a mai Dísz tértől északra elhelyezkedő utcákban és a Vízivárosban laktak, s az utcák nevei jelezték, kik éltek ott többségben (Olasz utca, Zsidó utca). A török adóösszeírások egyébként a lakosokat Budán is utcánként, illetve a török városi igazgatás beosztása szerint mahallénként, azaz „városnegyedenként” rögzítették.

Buda és Pest képét jelentősen átalakították a hódítók: dzsámik, minaretek, iskolák, fürdők, műhelyek, boltok – egy keleties világ képe rekonstruálható a korszak ábrázolásain.


A törökök "megvédtek" minket I. Ferdinándtól

Erhard Schön, a 16. század első felében működő nürnbergi rajzoló-fametsző, számos műve örökítette meg a magyar történelem eseményeit. Az öt lapból álló nagyméretű kompozíció I. Ferdinánd seregének sikertelen ostromát mutatja be, melynek során a Szapolyai-párti védők 2500 főnyi serege Martinuzzi György vezetésével addig tartotta várost a hatszoros túlerővel szemben, amíg a magyarokat támogató török szultán meg nem érkezett. II. Szulejmán katonái megsemmisítették a német csapatokat, majd egy héttel később megszállták a budai várat.