A 19. század végén egy műegyetem és két tudományegyetem működött Magyarországon, de túlzsúfoltságuk miatt szükségessé vált egy harmadik tudományegyetem felállítása. Zichy János kultuszminiszter végül két, Pozsonyban és Debrecenben felállítandó intézményről nyújtott be törvényjavaslatot, melyet az országgyűlés 1912-ben egyhangúlag elfogadott.

Pozsony kérésére városuk egyetemét „az áldott emlékű magyar királynéról”, Erzsébetről nevezték el. Az egyetem 1914 októberében kezdte meg működését, de a hivatalos avatóünnepségre 1916. november 19-én, Erzsébet napon került sor. Az agg Ferenc József ezzel az üzenettel bocsátotta útjára az egyetemet:
"Bizalommal remélem, hogy a most felszentelt egyetem a magyar közműveltség fejlődésének és előterjesztésének hatalmas tényezője lesz."

A negyedik fakultás, a mennyiség-, természettudományi és mezőgazdasági kar megnyitására Pozsony megszállása miatt már nem kerülhetett sor. 1919-ben a csehszlovák kormány átvette a város közigazgatását, birtokba vette az egyetem összes tulajdonát, az orvos- és bölcsészettudományi karok oktatóit pedig elbocsátotta. Utolsóként a magyar jogtudományi kart zárták be Pozsonyban, 1921-ben.

Mivel a kormányzat még mindig bízott a pozsonyi visszaköltözésben, az 1921. évi XXV. törvénycikk a pozsonyi tudományegyetemet ideiglenesen helyezte Pécsre, ahonnan három esztendő után, augusztus 22-én vonultak ki a szerb csapatok. Zichy Gyula pécsi megyéspüspök és Nendtvich Andor polgármester átengedte azokat az ingatlanokat, amelyekben az egyetem elkezdhette működését.

Az átalakítások után, 1923. október 14-én, Klebelsberg Kunó kultuszminiszter ünnepi beszédével nyitották meg a tanévet Pécsett. A miniszter utalt az – egyébként főreáliskolának épült – központi egyetemi épület aulájában elhelyezett festmény jelentőségére, melynek a mai napig mítoszteremtő ereje van:
"Abban a reményben, hogy ez az épület a tudományos tettnek: az alkotásnak hajléka lesz, azt rendeltetésének ezennel átadom s hozzá csatolom a kultusztárca ajándékaként Dudits mesternek szép falképét, mely az első pécsi egyetem alapításának jelenetét ábrázolja. Tegyen tanúságot e kép a boldogabb jövő nemzedékek előtt nemcsak a múlt nagyságáról, hanem arról is, hogy nemzeti szerencsétlenségeink közepette is a tudást a művészettel párosítottuk; hogy mint igazi kultúremberek a balsorsban, a szűkösségben is kerestük a szépséget."

A megnyitás után egy hónappal új fakultással bővült az egyetem: az evangélikus hittudományi kar Sopronban kapott helyet. 1924-ben törvény született arról, hogy csak az a bölcsészhallgató kaphat középiskolai tanári oklevelet, aki nyolc féléven át tanárképző intézeti előadásokat hallgatott, és középiskolában töltött egyéves gyakorlati képzésben részesült. Ennek megfelelően 1925-ben az egyetem középiskolai tanárképző intézettel bővült, melynek felügyelete alá tartozott a Gróf Széchenyi István Tanárképzőintézeti Gyakorló Gimnázium.


A diákokat is el kellett helyezni valahol

Amikor az Erzsébet Tudományegyetem Pécsre költözött, nemcsak az oktatás elhelyezéséről kellett gondoskodni, hanem a diákok szállását, ellátását is meg kellett oldani. Az internátusok rendszerint kápolnával, könyvtárral, klubteremmel rendelkeztek, bennük eleven diákélet zajlott: ifjúsági körök működtek, bálokat rendeztek és diáklapokat adtak ki.

1923 nyarán vásárolta meg a város a Rákóczi és a Siklósi (ma Bajcsy-Zsilinszky) utca sarkán lévő Vadember Szálló egyemeletes épületét, melyben a nőhallgatókat helyezték el. A 70 férőhelyes Erzsébet kollégiumban 1-3 ágyas szobák, tanulószoba és kert állt a bennlakók rendelkezésére. Ugyanitt rendezték be a 300 diák ellátására alkalmas egyetemi menzát. A rászoruló diákok a kollégiumokban és a menzán is kedvezményben részesülhettek.

A férfihallgatókat ideiglenesen az 1923-ban népiskola céljára emelt Irányi Dániel téri épületben helyezték el. 1928-ban tették le a Szent Mór pécsi püspökről elnevezett katolikus tanárképzőintézet és diákotthon épületének alapkövét, mely 1929-től mintegy 120 katolikus fiú hallgatónak adott otthont. Az épületben könyvtár, kápolna, menza, klubhelyiség, tornaterem, tágas kertjében teniszpálya működött. Maurinum címmel saját újságot adtak ki, amelynek humoros melléklete a Móricka volt. Az intézményt a Maurinum Egyesület alapítványi formában működtette, alapítója és első igazgatója Vargha Damján ciszterci rendi szerzetes, bölcsészkari tanár volt.

Az Erzsébet Tudományegyetem több szervezeti átalakuláson ment át működése során, és az elnevezése is többször változott. Az intézmény 1982-ben Janus Pannonius nevét vette fel, majd 2000-ben integrálta a Pécsi Orvostudományi Egyetemet, valamint a szekszárdi Illyés Gyula Pedagógiai Főiskolát. Így lett a Pozsonyban alapított Erzsébet Tudományegyetem jogutódja a mai Pécsi Tudományegyetem.