Az iskolatörténeti kiállítás első része a wittenbergi hatásokat, a templom, az iskola és a helyi nyomda működésének szoros összefonódását érzékelteti.

A mindvégig színvonalasan oktatott természettudományok között Melius püspök herbáriuma óta Debrecenben kitüntetett szerepe volt a botanikának: Diószegi Sámuel, Fazekas Mihály és a Succinta Medicorum szerzője, Weszprémi István nem csupán diákkorukban kötődtek szorosan a Kollégiumhoz. A szemléltető oktatás jelentkezése (szerény XVII. századi előzmények után) már 1740-től tömegesen megmutatkozik a múzeum állományán. A Debreceni Kollégiumban maradt fönn a legrégibb hazai szemléltető eszköz, Hevelius éggömbje (Amszterdam, 1700) több tucat védett műszer társaságában, közöttük találhatóak a híres leydeni mechanikus, Musschenbroek eszközei is.

Három enteriőr, egy írópultjánál olvasó XVII. századi deák, a szénior szobájának XVIII. századi berendezése, és egy XIX. századi osztályterem látványa teszi a látogatók számára emlékezetessé az iskolatörténeti kiállítást.

A régi diákélet hangulatát őrzik a különféle diáktársaságok, a tűzoltó diákok eszközei, a rézmetsző diákok munkái, a Kántus, az olvasó és önképző társulatok, a diáklapok szerkesztőségeinek gazdagon illusztrált dokumentumai. Tárgyak és auktor kiadások idézik az antikvitás kultuszát, az ereklyetár darabjai a nagy növendékek emlékét, köztük irodalmunk olyan jeles alakjait mint Szenci Molnár Albert, Csokonai Vitéz Mihály, Fazekas Mihály, Kölcsey Ferenc, Arany János, Ady Endre, Móricz Zsigmond és Szabó Lőrinc.

Térképek, tárgyak, díjlevelek, tankönyvek, peregrinációs albumok, diktátumok emlékeztetnek a történelmi Magyarországot behálózó debreceni partikula rendszerre és az európai egyetemekre irányuló diákvándorlásra.