A tihanyi apátsági templom egységes, egy időben készült oltárai és fa berendezési tárgyai kiemelkedő helyet foglalnak el a 18. századi magyarországi faszobrászatában. Ezeket hosszú időn keresztül kizárólag Stulhoff Sebestyén munkáinak tartották. A tehetséges és kreatív asztalos 1754-ben 31 évesen érkezett Bécsből Tihanyba. 25 éven át az apátság szolgálatában állt, 1779-ben halt meg és a templom hajója alatti szerzetesi kriptába temették el. Stulhoff Sebestyén leginkább a tervezőmunkát végezte: ő fogta össze a különböző helyről jött és eltérő képességű mestereket, és a berendezési tárgyakat tökéletesen komponálta, szervesen kapcsolta a templom építészeti teréhez.

A lépcsőkön megközelíthető szentély keleti oldalát teljesen kitöltő, gazdag faragású főoltár a templom berendezései közül elsőnek készült el, 1757-ben. Az oltárfelépítmény magas talapzaton álló oszlopaival, erőteljes főpárkányával és az egészet összefogó, megkoronázó baldachinnal jellegzetes 18. század közepi típus. Ugyanez a kompozíció ismétlődik meg kicsiben a szentségház körül.

Az 1822-ből származó oltárkép az apátság védőszentjének, Szent Ányos püspöknek a megdicsőülését, halála pillanatában történő mennybe vételét ábrázolja. A főoltárkép alsó, takarásban lévő részén, festője a tihanyi templomot és környékét örökítette meg. Szent Ányos, latinul Anianus, az V. században a Gallia provinciában, a mai Franciaországban fekvő Aurelianum – vagyis Orléans (kiejtés: Orleán) – városának volt a püspöke. Azért kezdték szentként tisztelni, mert 451-ben imádságával és Aëtius római hadvezér segítségül hívásával megmentette a várost a hunok pusztításától. Később a frank királyok Szent Ányos orléans-i sírja fölött tették le ünnepélyes esküjüket, ha szerződést, szövetséget kötöttek. Egyúttal tisztelték mint a város védelmezőjét az idegen hadakkal szemben. Az uralkodó és uralkodó közötti egyezséget, az uralkodó és alattvalói közötti hűséget szavatoló Szent Ányos égi pártfogását kérte az alapító I. András király is öccsével, az ellene törő Béla herceggel és a német-római császárnak az ország ellen készülő hadaival szemben.

Az oltárképtől balra a nyugat-európai szerzetesség alapítóatyjának, Szent Benedek apátnak; jobbra pedig az ő nővérének, Szent Skolasztikának a szobrát látjuk. Benedektől balra a magyar államot megalapító Szent István király; Skolasztikától jobbra pedig a hős lovag Szent László király életnagyságúnál nagyobb szobrait helyezték el. Szent István kezében a párnán, a halála órájában Szűz Máriának felajánlott jogart és koronát; Szent Benedek kezében a pásztorbot, a szerzetesi szabálykönyvet és a kelyhet látjuk, amelyből, legendája szerint, kígyó mászott ki, mikor meg akarták mérgezni. Szent Skolasztika kezében szintén a pásztorbotot és a szabályzatot látjuk, továbbá egy galambot; Szent László kezében pedig a királyi jogart és azt a bárdot, amivel megölte a magyar szűzlányt elrabló pogány harcost.

Az oltárvázákkal díszített főpárkány fölött, a baldachin tetején az apátság másik védőszentjének, Szűz Máriának a szobrát helyezték el, felhőkoszorúban, angyaloktól övezve. Ha felnézünk a mennyezeti freskóra, szintén Mária mennybevitelét látjuk – Deák-Ébner Lajos ábrázolásában. A lépcsőfeljárat felett, a diadalíven Jézus Krisztus egyik igen népszerű jelképét, az ártatlan bárányt festette meg Lotz Károly. A szentélyben, a szembemiséző oltár fölött, a négy evangélistát – Mátét, Márkot, Lukácsot és Jánost – Székely Bertalan festette meg, a főoltár fölött a négy nyugati egyházatyát – Ambrust, Ágostont, Jeromost és I. Gergely pápát – pedig szintén Deák-Ébner Lajos. A Mária-mennyezeti képtől a templom kapuja felé haladva Lotz Károly alkotásában a Szentháromság jelképes ábrázolását, majd Székely Bertalan keze munkája nyomán Szent Ányos megdicsőülését láthatjuk a megnyílt égbolton. A koncertorgona körül zenélő tizenöt angyalka – az égi angyalok Istent dicsőítő kórusa – hangszereikkel egy klasszikus barokk zenekart jelképeznek. A mennyei valóságot ábrázoló képek, és a díszes főoltár meg a mellékoltárok nemcsak a díszítés, az esztétikum, a pompa és a lenyűgözés miatt készültek, hanem segítséget nyújtottak a keresztény tanítás kifejtéséhez, a prédikációhoz. Az írni-olvasni nem tudó emberek számára művészi módon illusztrálták a szószékről elhangzott szavakat. Másrészt, legalább vasárnap, kiemelték a lelket a mindennapok világából és az élet magasabb értelme felé irányították.

Az orgonakarzatot tartó középső boltív fölött az apátság címere látható. A baloldali mezőben egy piros palástot és püspöksüveget viselő férfit láthatunk, ő valószínűleg Szent Ányos püspök. Horgonyt nyújt a Balaton vizén a viharban hánykódó hajósoknak.

A templom hátuljában a főoltártól nézve balra a keresztelőkutat láthatjuk: Jézus alámerítkezik Keresztelő Jánosnál a Jordán folyóban. Jobbra a Lourdes-ban megjelent Szent Szűz oltára látható.

A középső negyedben – a főoltártól nézve jobbra – Szent Benedek apát oltára található. A kép azt a jelenetet ábrázolja, amikor Benedek megáldja a számára felszolgált, mérgezett borral teli kelyhet. Az oltár két oldalán Benedek első tanítványainak, Szent Maurusnak és Szent Placidusnak a szobra áll. Benedek a VI. században élt Itáliában. Rómában tanult, majd megelégelte kortársainak felületes, kicsapongó, léha életét. Három esztendőre elvonult a világtól, önfegyelmezésben élt és a földi élet igazi értelmét kereste egy belsőleg széteső, továbbá háborúktól és járványoktól pusztított világban. Egyre többen kezdték követni az Istenkeresésben és a radikális keresztény életvitelben, majd Benedek megalapította Monte Cassino monostorát, amely ma is a bencés rend anyamonostora. Nyugat-Európában az ő tanítása és hagyománya nyomán alakult ki a szerzetesség. Benedek oltárával szemben áll nővérének, Skolasztikának az oltára. A szerzetesnő lelke halála pillanatában galamb képében az égbe emelkedik. Két oldalt Nagy Szent Gertrúd és Szent Walburga apátnők szobrai állnak.

A szószékkosár négy sarkán a korai nyugati kereszténység négy nagyhatású teológusának ülő szobrát helyezték el. A templom bejáratától nézve jobb oldalt Szent Ágoston püspök ül a szívvel, ugyanis a következő mondat található önéletírása elején: „Nyugtalan a mi szívünk, amíg meg nem nyugszik Benned, mert magadnak teremtettél minket, Uram.” A félmeztelen alak, újkori vörös színű bíborosi kalapban, Szent Jeromos. Kezében a koponya a remete-életre utal. Jeromos betlehemi magányában lefordította a teljes Szentírást a „kor angoljára”, latin nyelvre. Jeromostól balra ül Nagy Szent Gergely pápa, akinek az isteni galamb súgja a fülébe a később róla elnevezett gregorián éneket. A hagyomány szerint ezeket a csodálatos liturgikus énekeket Nagy Szent Gergely pápa gyűjtötte egybe. A Jézus Szíve-oltár közelében ül Szent Ambrus milánói püspök egy méhkassal. Neve kapcsolatban áll az „ambrosium”, „mennyei lépesméz” jelentésű szóval, illetve a méhek munkája utal szavának mézédességére, vagyis szónoki képességeire. A négy evangélista szimbólumát a hangvető tetejére helyezték, ahol az Isten szeme ábrázolás körül ott találjuk a sas (vagyis János), az oroszlán (vagyis Márk), az ökör (vagyis Lukács) és az angyal (vagyis Máté) faragványait. A szószék bejárati ajtaján Szent Pál apostol domborműve látható.

A templomhajó elejében, a főoltártól nézve balra elhelyezkedő Jézus Szíve-oltár középpontjában Jézus háromnegyedes szobra áll. Mindkét kezével tövissel koszorúzott, dárdával megnyitott Szívére mutat: az örök és boldog élet forrására. Köré tizenkét lángnyelvből és szívből egy nagyobb méretű szívet formáztak. Alatta két szobor áll: Mária, a Fájdalmas Anya, szívében karddal, valamint a pelikán fiókáival. A pelikán a legenda szerint vérével táplálja fiókáit s ezért Krisztusnak értünk a keresztfán feláldozott Testének és Vérének szimbóluma. Az oltárépítmény tetejét a Szentlélek galambja zárja le. Az oltárépítmény két oldalán két-két életnagyságú szobrot helyeztek el, olyan szentek szobrait, akik Jézus iránti nagy szeretetükről tettek tanúbizonyságot. Bal oldalt alul Szent Ágoston, felette Szent Péter a kulccsal, jobb oldalt alul Szent Borbála vértanú és felette a karddal lefejezett Szent Pál alakja elevenedik meg. A szobrokat Huber József faragta.

A Jézus Szíve-oltárral szemben a Máriazelli-oltár áll. Máriazell az ausztriai Stájerország Nyugat-Magyarországról is gyakran látogatott búcsújáróhelye. A kompozíció az ottani nagyméretű kegyoltár egyszerűsített változata. Az oltárépítmény tetején az Atyaisten dicsfénnyel övezett, felhőkön trónoló szobra látható.