I. András király a Tihanyi-félszigeten, az alapítólevél szerint „supra firmam petram”, vagyis szilárd kősziklára építtette fel a ma is eredeti épségében megcsodálható háromhajós csarnokkriptát – a közeli Vörösberényből származó vöröshomokkő oszlopokkal; a Tihanyi-félszigeten bányászható, barnásszürke bazalttufából, az úgynevezett cserkőből rakott falakkal; és keresztboltozattal. A temetkezőhely fölé épült a román stílusú templom emelt szentélye és ezt a megoldást megőrizték a 18. századi barokk újjáépítéskor is. A kripta, így az egész templom is, kelet-nyugati tájolású: az egyenes záródású szentély keletre néz, a bejárat nyugatra. A keleti fal három kis ablakán keresztül áramlik be reggelente a felkelő nap sárgás fénye. A kereszténység születésekor a Nap nagyon fontos szimbólummá vált a Krisztusban hívők körében: nem istenként imádták, mint a pogányok, hanem az örök és boldog életet ajándékozó Megváltó jelképe lett.

A kripta főhajójának kelet-nyugati tengelyében, gejzirites mészkőrétegbe ásták az elhunyt király sírját. A sírgödröt fehér mészkőből faragott sírlappal fedték, amelynek felületéből egy hordozható, csavart nyéllel ellátott kereszt domborműve emelkedik ki. A kőlap 1953-ig a kripta déli falába volt befalazva, ekkor helyezték vissza eredeti helyére. A kor szokásának megfelelően a király és családja a nagyobb ünnepeken felkereste saját alapítású monostorát, és a templomba vonuláskor ilyen nyeles keresztet mint méltóságjelvényt vittek az uralkodói pár előtt. Boldog Gizella királyné († 1060) passaui sírlapján is hasonló, csavart nyelvű keresztet találunk.

A kripta „kicsinosítása” és a régészeti kutatások a török kor elmúltával kezdődtek meg. A 18. században Ambrosio Dornetti falképekkel díszítette a falakat. 1889-ben az egész padozatot felszedték és felásták: rossz megtartású csontokkal több sírhely és koporsómaradvány is előkerült. Az emberi maradványokat ebben az időben még nem tudták azonosítani. Az egyik sírhely vöröshomokkő lapokkal volt bélelve, azt tartották I. András király sírjának. Dr. Récsei Viktor bencés atya, aki a 1889 és 1891 között a tihanyi apátság könyvtárosa volt, így emlékezik meg a feltárásokról: „Az elkorhadt koporsók és tetemek közül éppen a fölhozott régi faragású emlékkő irányában, vörös márványlapok között egy, a többinél sokkal régibb csontvázra bukkantak, a mely mellett ugyan semmiféle ruha vagy ékszer, fegyver nem volt található, de mivel ama középkorú kereszttől nem messze volt és a márványkoporsó mintegy kitűnt a többi közül, méltán következtethettünk, hogy ott nyugszanak Endre király hamvai. Nagy kegyelettel a sírhelyet körülfalaztattuk és a pallos alakú féldombormű keresztet a külső kőfalon helyeztük el.” (Budapesti Hírlap, 1897. május 7.) A feltárások végeztével jelentősen átalakították és kidíszítették a kriptát.

1953-ban az Országos Műemléki Felügyelőség és a Magyar Nemzeti Múzeum végzett régészeti ásatást és műemléki helyreállítást. Az említett díszes sírhelyben talált csontokról megállapították, hogy kora-árpád-kori eredetűek, így feltételezhető, hogy itt az altemplomban, valóban I. András király nyugszik. A szakszerű restauráció alkalmával, többek között, eltávolították a tarkára kifestett vakolatot és elhelyezték a középhajóban a most is itt látható 11. századi sírkövet, amely 1889-től kezdve a déli falban volt.

2005-ben, az apátság alapításának 950. évfordulóján, a királyi kripta falait, az eredeti állapot legjobb helyreállítása végett, bevakolták és fehérre meszelték. Az egy szinttel megemelt szentélyben áll az oltár, a középső szentélyablak elé bronzkorpusz lóg be a mennyezetről. A kereszten a koronás, tunikában lévő Krisztust láthatjuk. Az ezredfordulóig Krisztust a kereszten „trónoló” dicsőséges uralkodóként ábrázolták.

I. András király kriptája és a tihanyi apátsági templom szent helye a magyarságnak: ez az egyetlen, épségben megmaradt Árpád-kori királyi temetkezőhely.