A Várkastély déli Lorántffy-szárnyának pincéje, amely a korabeli forrásokban "kertészek pincéje" megnevezéssel szerepel, a 17. században, a palotaszárnyak kialakításával egyidőben épült. E korból való egyszerű kőkeretes ajtaja is. A dongaboltozatos helyiségben láthatók a Vár építéstörténetének művészeti emlékekben gazdag szakaszára - a reneszánszra - utaló kőfaragványok.

A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.

I. Lipót rendelete nyomán Patak külső várát felrobbantották a császáriak. A megmaradt belső vár azonban jelentős szerepet játszott az 1703 és 1711 között lezajlott függetlenségi küzdelemben. A szabadságharc vezérlő fejedelme, II. Rákóczi Ferenc 1708-ban Patakra hívta össze az utolsó kuruc országgyűlést, amely a Vörös-torony nagytermében, az Öregpalotában ülésezett. Itt mondták ki a végig katonáskodó jobbágyok hajdúszabadságát.