A Szent Bertalan Templom kincseinek története valósággal regénybe illő. Bár azt tudni lehetett, hogy a plébánia tulajdonában lévő kivételes liturgikus tárgyaknak a második világháború ideje alatt nyoma veszett, arra viszont nem gondolt senki, hogy ezeket valójában csak elrejtették a fosztogatók elől.

A régi Gyöngyöst szinte megsemmisítő tűzvészeknek leginkább a textilek estek áldozatul. Tizenkét miseruha mégis megőrződött a sekrestyében.

A gyűjtemény barokk kori könyvanyaga mellett a múzeumban a magyar könyvnyomtatás számos értékes példánya is megtalálható. Misekönyvek, Szentírások, evangéliumi kommentárok, szentek életei és történelmi témájú kötetek teszik értékesebbé a kollekciót.

A kincstár páratlan ötvöstárgy-gyűjteménnyel rendelkezik. A tárlaton 1500‒1510 között készült filigrán díszítésű kelyhek, 15‒17. századi talpas keresztek, úrmutatók, cibóriumok tekinthetők meg. Ezeket egészítik ki a későbbi századokban készült helytörténeti relikviák.