A látogató Paks és tágabb környékének történetével ismerkedhet meg, az őskortól a 19. század fordulójáig. Az első helyiségben a település tágabb környékének őskori viszonyaiba pillanthatunk be a kelták megjelenésének korszakáig. A következő terem a Paks-Dunakömlőd Bottyán-sáncon már 1969 óta folyó régészeti ásatások leletanyagával, a római kori Pannonia Lussonium nevű katonai táborának történetét mutatja be.

A kúria épületének pincéjében kapott helyet a kőtár. A Dunakömlőd-Lussonium területéről származó néhány római kori sírkőtöredék és szobortalapzat mellett kora- és késő gótikus épületfaragványok töredékeit, valamint a 19. század elején készült barokk Szentháromság-szobor eredeti darabjait mutatjuk be.

Pákolitz István költő 1919-ben született Pakson. Halála után özvegye a szülővárosnak, s azon belül a Városi Múzeumnak adományozta Pákolitz István irodalmi hagyatékát, dolgozószobájának bútorait és a költő személyes tárgyait.