I. Lipót rendelete nyomán Patak külső várát felrobbantották a császáriak. A megmaradt belső vár azonban jelentős szerepet játszott az 1703 és 1711 között lezajlott függetlenségi küzdelemben. A szabadságharc vezérlő fejedelme, II. Rákóczi Ferenc 1708-ban Patakra hívta össze az utolsó kuruc országgyűlést, amely a Vörös-torony nagytermében, az Öregpalotában ülésezett. Itt mondták ki a végig katonáskodó jobbágyok hajdúszabadságát.

A Hegyalja szőlőművelése már a középkorban is jelentős volt, de különösen a XVI. század második felétől lendült fel. Számos főúr és felvidéki város igyekezett itt szőlőbirtokot szerezni. A XVII. században a Rákócziak voltak a legnagyobb szőlőtulajdonosok, akik sokat tettek a szőlőművelés fejlesztéséért.

A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.

A "Beszélő kövek, a pataki vár építéstörténete" című kiállítás a főlépcsőházban és a 19. századi emeleti udvari folyosón látható 1998 óta. A kövek eredeti helyzetét, kiemelésüket, restaurálásukat is dokumentáló kiállítás különleges darabja a Vörös-torony címeres főkapujának felső része. A kövek elhelyezése teszi lehetővé, hogy a látogató a kövek átfaragását, másodlagos felhasználásukat is érzékelje.