A keleti palotaszárny alagsorában nyílt meg 1999-ben a Gótikus kőtár. Ebben a szárnyban volt a Windischgraetzek korában az istálló. Később Erdélyi János-teremként a múzeum néprajzi kiállításainak adott helyet. A pillérekkel tagolt, boltozott tér helyreállítása Détshy Mihály nevéhez fűződik, ő tervezte a bejárat lépcsőjét.

A Hegyalja szőlőművelése már a középkorban is jelentős volt, de különösen a XVI. század második felétől lendült fel. Számos főúr és felvidéki város igyekezett itt szőlőbirtokot szerezni. A XVII. században a Rákócziak voltak a legnagyobb szőlőtulajdonosok, akik sokat tettek a szőlőművelés fejlesztéséért.

A "Beszélő kövek, a pataki vár építéstörténete" című kiállítás a főlépcsőházban és a 19. századi emeleti udvari folyosón látható 1998 óta. A kövek eredeti helyzetét, kiemelésüket, restaurálásukat is dokumentáló kiállítás különleges darabja a Vörös-torony címeres főkapujának felső része. A kövek elhelyezése teszi lehetővé, hogy a látogató a kövek átfaragását, másodlagos felhasználásukat is érzékelje.

A XVI-XVII. században a Vár délnyugati sarokbástyája mellett helyezkedett el a konyha. A XIX. században is itt volt, természetesen feltöltve, többször megújítva, s a tüzelőberendezése - mely immár nem a helyiség közepén állt - a déli várfal és a két pillér által közrefogott, zárt tűzhely volt. Ezt használták a Windishgraetz-család idején, sőt 1959-ig, az Alkotóotthon konyhájaként is. Helyreállítására 1994 - 96 között került sor.